Показания к микробиологическим исследованиям могут быть разными в зависимости от клинической ситуации. Например, они могут быть необходимы при подозрении на бактериальный, вирусный, грибковый или паразитарный процесс, при нарушении нормальной микрофлоры кожи, слизистых и полостей тела, при необходимости контроля эффективности антибиотикотерапии или иммунопрофилактики.